新幹線変形ロボ　シンカリオン

小学五年生の男の子・速杉ハヤトは、冬休みの宿題を約束どおり終わらせたごほうびに、父・速杉ホクトに連れられて東北新幹線「Ｅ５系はやぶさに乗せてもらう約束をしていた。　ところが、突然ホクトに仕事の電話がかかってきて、事態は一変する・・・・・・。

『シンカリオン　Ｅ５はやぶさ』を操縦し、見事に敵を撃破したハヤト。しかし、ハヤトを危険な戦いに巻き込むことについてホクトが苦しんでいることを知ってしまったハヤトは、もうシンカリオンには乗らないつもりでいた。そんなとき、またしても巨大怪物体が現れる。

日本全国からシンカリオンの新たな運転士を発見するミッションが始まった。一人目の運転士候補がいるという秋田県秋田市を訪れたハヤトは、迷子になったうえに慣れない雪で足を滑らせたところをクールな少年「男鹿アキタに助けられる。

秋田で出会った少年・男鹿アキタこそがシンカリオンの新たな運転士候補だった。しかし、彼は「そんな暇などないと運転士になることを拒む。アキタはビームライフル競技というスポーツの選手で、明日行われる大会の決勝戦に出場するために関東にやってきたのだ。

運転士になることに乗り気ではないツラヌキを説得するため、彼と一緒に一日東京観光をすることになったハヤトたち。張り切ってオススメの鉄道スポットを紹介しようとするハヤトだったが、ツラヌキは電車にも普通の東京観光にも「全くもって興味ナシ！だと言い放つ。

なんとか敵を一時停止状態に追い込んだハヤトたち。しかし再起動は時間の問題だ。敵を倒しきるためには三機のシンカリオンが力を合わせる必要がある。つまり、ツラヌキの力が必要だった。

ついに三人揃ったシンカリオンの運転士たち。しかし、エースが自分だと言い張るツラヌキと自分のやり方にこだわるアキタの相性は最悪。彼らの連携がうまくいかず、進化する敵に思わぬ苦戦を強いられてしまう。ハヤトの父・ホクトはそんなふたりに「このままでは勝てないと告げる。敵を倒すには、ハヤトたちにあって敵にないものを見つけなければならない。そんななか、ホクトにもある重大な辞令が下されて・・・・・・？

ホクト不在となった研究所。シャショットは相棒としていっそうハヤトをサポートしていこうと意気込む。一方、ハヤトもシンカリオンの新たな力『リンク合体』を手に入れようとやる気十分だ。『リンク合体』のトレーニングで最初から頑張りすぎているハヤトを心配するツラヌキ。「ハヤトをリラックスさせてやれという彼のアドバイスを受けて、シャショットは様々な方法でハヤトを手助けしようとする。

ホクトに代わって指導長代理を任された三原フタバは、個性豊かなシンカリオンの運転士たちをどうまとめていけばいいか悩んでいた。その悩みを聞いた指令長の出水シンペイは、ハヤトたちを含めた研究所スタッフ総出での温泉旅行を提案する。不思議なことに、敵は一行の旅行先近辺に出現した。秘湯めぐりに行ってしまった出水が戻らない中、ハヤトたちはフタバを中心に敵に立ち向かう。

山形新幹線・大沢駅付近に敵が現れた。そこは在来線の線路を利用している『ミニ新幹線』区間であるため、アキタの『Ｅシックス』しか運行できない。おまけにハヤトとツラヌキはテストの点が悪くて居残り勉強中だ。『Ｅシックス』一機で敵を倒そうとするアキタだが、スピードとパワーを兼ね備えた敵の一撃を受けて大ピンチに陥る。絶体絶命の状況に現れたのは、まだ見ぬ新たなシンカリオンだった。