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かつてエーゲ海に君臨し、脅威の機械化文明を誇った古代ミケーネ帝国。ドクター・ヘルの機械獣を作った存在でもある彼らが、ついに地上世界支配に乗り出した。闇の帝王を頂点に、暗黒大将軍やアルゴス長官といった大幹部、そして七大将軍率いる戦闘獣軍団という一大帝国に対し、敢然と立ち上がったのは兜剣造と科学要塞研究所。その最大の戦力は、マジンガーZをも超えた新勇者・グレートマジンガーである。マジンガーZ最大の危機を救った剣鉄也とグレートマジンガーは、甲児とZの後を引き継いで世界防衛の最前線に立つと、女性パイロット・炎ジュンと彼女のスーパーロボット・ビューナスAと共に、ミケーネ帝国の戦闘獣との激戦を展開する。果たして人類は、未曾有の危機に打ち勝つことが出来るのか!?
「ありがとう・・・本当にありがとう・・・お礼の言葉もない」(剣造)甲児との別れに寂しさを感じているシロー。鉄也の相棒・炎ジュンは、シローを「科学要塞研究所」に引き取ることを提案し、剣造所長も快諾する。その頃ミケーネ帝国では、残忍さ故に投獄されていた戦闘獣ガラリヤに、打倒グレートマジンガーの任が下っていた。未経験の海中戦を挑まれ窮地のグレートマジンガーと鉄也は・・・
「戦いは勝つとは限らねえんだ!そのくらいの覚悟があってビューナスAに乗ったんだろ!」(鉄也)ジュンの戦闘ロボット・ビューナスA(エース)がついに完成!だがシローがミケーネに捕まったため、テストも不十分なまま出撃命令が下る。ミケーネの目的は研究所の場所を探ることだが、どうも足並みが揃わない。ビューナスAとグレートマジンガーは見事シロー奪還に成功する。しかしシローには発信機がつけられていた!
「兜甲児の留守中は、俺たちが平和を守るリーダーだ!」(ボス)諜報軍団のアルゴス長官の部下・ゴーゴン大公は、グレートマジンガーの基地が海中にあることに気が付く。報告を受けた大昆虫将軍スカラベスは、戦闘獣ムガリッサを放ち、研究所攻撃作戦を開始した。その頃、ジュンの気を引こうと、おしゃべりカラスのバカラスを捕らえていたボスは、ムガリッサの卵を発見する。
「いつだって自分の運命を切り開かなきゃいけねえんだぞ!」(鉄也)自分が本当の父であるとシローに名乗れず苦悩する剣造所長。甲児の帰りを待ちながら、自分も強くなろうと決心するシロー。甲児を誇りに思うあまり、鉄也に反発心を抱くボス。それぞれの葛藤と心の成長がせめぎ合う中、ミケーネの新たな研究所襲撃作戦が開始された。バリアも限界というギリギリの局面に、一同は・・・!
「男と生まれた以上、天下を取るのは夢さ」(鉄也) 戦闘獣サイコベアーの呪いにより、地獄に落とされる悪夢に苛まれ、苦しみ倒れた鉄也。さらに悪霊将軍ハーディアスは、ゴーゴン大公の助言から、ボスに催眠術をかけて彼を操り、鉄也に呪いをかけさせてグレートマジンガーの戦闘力を削ごうと画策する。しかしボスの舎弟・ムチャとヌケが、ボスの変化に気付き・・・。
「ママ、大きなロボットを買って、今すぐ月見公園に置いてよ」(信一)シローのクラスメイト・信一は、研究所住まいのシローが羨ましく、自分も巨大ロボットを持っていると嘘をついてしまう。そこに目をつけたゴーゴン大公は、信一が考案したロボットを模して新たな戦闘獣グレシオスを開発した。自分が考えたままの戦闘獣が出現し大喜びする信一だが、グレシオスに捕らえられ、人質にされてしまう。
「ボスのロボットは、新兵器に耐えられんのや」(飛田博士)グレートマジンガーを強化させるため、アメリカから飛田博士が帰国した。ボスボロットも強化してもらいたいボスは、ボロットにも新兵器「ドリルプレッシャーパンチ」を装備してもらう。しかし所長を捕えるために現れた戦闘獣との戦いでパンチは空中分解。なんと、ボロットでは新兵器のパワーに耐えられなかったのだ!
「どうか人間のみなさん、許して下さい・・・」(クレオ)シローを助けた少女は、スパイ用戦闘獣クレオだった。長い間人間と共に過ごしてきた彼女は、普通の人間として暮らしたいと望んでいたがゴーゴン大公の命令には逆らえなかった。そんなクレオに研究所潜入の指令が下り、自分の意思とは関係なく巨大戦闘獣の姿に戻されるクレオ。彼女の正体を知ったシローたちは・・・。
「ボス、お前が出てこなかったお陰ですっきり戦えたぜ!」(鉄也)鳥類が突如凶暴化する怪事件が各地で多発しており、バカラスにまで影響が出てしまう。ボスや研究所の一同が調査した結果、原因はコウモリ型の戦闘獣ブルートンの怪音波にあった。グレートマジンガーが出撃するが、強力な超音波攻撃を受けてピンチに陥ってしまう。だがブルートンにはある弱点があって・・・。
「困難を恐れていちゃ何もできやしませんよ」(鉄也)兜甲児とマジンガーZの後を継ぎ、世界の平和を託された剣鉄也とグレートマジンガー。一方、ミケーネ帝国は各地にスパイを派遣しグレートマジンガーの情報収集に努めていた。そうした中、グレートマジンガーに間違われたボスボロットが戦闘獣バルバリとオベリウスの襲撃に遭遇、甲児の弟・シローが巻き込まれてしまう。