高校生探偵・工藤新一は、警察もお手上げの難事件を次々と解決するほどの頭脳の持ち主。ある日、幼なじみの毛利蘭と遊園地に遊びに行った時、黒ずくめの男達による怪しげな取引を目撃する。しかし、その仲間に見つかり謎の毒薬を飲まされると、薬の作用でなんと小学１年生になってしまう。困り果てた新一は、隣に住む発明家・阿笠博士の助けを得て、黒ずくめの男達の行方を追うため「江戸川コナン」と名乗り自らの正体を隠す。そして、探偵事務所を営む毛利蘭の家に潜り込むことにした。はたして、新一の体は元に戻るのか？！黒ずくめの男達の正体は！！数々の謎に満ちた怪事件をめぐり、小さな名探偵コナンの活躍が始まった！！
北海道でツルを観察していたコナンと蘭、小五郎は、ツルの世話をする老人と出会う。老人の家に招待されたコナンたちは、老人が引退した実業家で、全財産をツルのために村に寄付するという遺言書を作成中だということを知る。老人の弟と子供たちは猛反対。手続きが終了する直前に老人はボウガンの矢で射抜かれ、死亡する。
吸血鬼の小説で有名なホラー作家・虎倉大介の依頼でドラキュラ荘と呼ばれる彼の山荘を訪れた小五郎と蘭、コナンは、豪雨のために山荘に一泊することになった。その夜、一人で書斎にこもっていた虎倉は、ドラキュラの衣装を身に着け、十字架上で白木の杭を胸に打ち込まれていた凄惨な死体となって発見される。
ホラー作家・虎倉大介を惨殺した犯人を特定するためには、殺害現場である書斎が完全な密室状態にあったという謎を解かなくてはならない。この夜、山荘にいた虎倉の妻たちの前で、小五郎は謎解きをしてみせると豪語する。案の定、小五郎の推理は的外れだったが、全員に殺害の動機と機会があったことが判明する。
生け花アーティスト・岡野利香に殺人を予告する脅迫状が届いた。脅迫状には、利香の世界芸術大賞受賞パーティー会場となる紅花ベイサイド・ホテルに「死の花が咲く」とある。パーティー当日、会場を訪れた小五郎、蘭、コナンの３人はホテルの支配人の死体を発見する。小五郎と目暮警部は遺体の状況から絞殺と断定するが…。
骨折で入院した小五郎の病室に銀行強盗の容疑者が入院していた。被害にあった銀行の行員の父親も同室で、強盗の仲間たちは行員の娘を人質に、仲間の口封じをするよう脅迫していた。容疑者を監視する警官の中にも仲間が紛れ込んでいて、行員は通報することもできずにいる。動揺する行員の姿に事件を見抜いたコナンだが……。
小五郎のもとに奇妙な依頼が舞い込んだ。半年前、見事な手際で殺人を実行し、姿を消した名うての殺し屋・狐（フォックス）に間違って自分の殺しを依頼してしまったというのだ。殺人を阻止し、狐を捕らえるために、依頼者の不動産会社社長が実行を指定した山の縦走にコナンたちも同行することになる。
殺し屋・狐の標的ではないはずの大学生・平井が殺され、山小屋で恭子の死体が発見された。恭子も背中にナイフを突き立てられていて、狐の第２の殺人かと思われた。小五郎は自分の正体を明かし、犯人捜しを始める。コナンが恭子の正体に勘づいた時、恭子の連れの河辺と依頼人の潮、山小屋の管理人の老婆の姿が消えていた。
スキーに来たコナンたちは、古びた民宿に泊まることになる。他の宿泊客はドラマで雪女を演じた女優・木下明子と専属のスタント・ウーマン浅沼洋子だけだ。蘭が露天風呂で雪女の幽霊を見た夜、明子が遺書を残して姿を消した。翌朝、雪女の衣装を着た明子の凍死体が発見され、睡眠薬を飲んだ上での自殺と思われるが…。
酔って帰宅中の小五郎は、中学校の裏手で知り合いの佐知子と出会う。あわてた様子で車に乗り込もうとしていたが、なぜか小五郎をドライブに誘う。大喜びの小五郎だが、ドライブから戻ると佐知子のルームメイトが自宅のマンションで殺されていた。小五郎の証言で佐知子のアリバイは成立。事件は強盗殺人事件かと思われた。
ワイドバンドレシーバーで誘拐犯の脅迫電話を聞いてしまったコナンと少年探偵団の子供たちは、レシーバーから聞こえてくる情報だけを頼りにどこの誰とも判らない被害者と犯人の居場所を突き止めようとする。犯人は川田という男に娘を殺されたくなかったら言うことをきけと、無茶な要求を次々に突きつける。